Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que se concentrer sur un seul protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur leur expérience globale. Le jeu présente deux personnages jouables: Naoe, une femme Shinobi, et Yasuke, un samouraï africain historique, dont l'inclusion a généré une discussion pré-libérée.
Des inquiétudes se sont présentées selon lesquelles la priorisation d'un personnage pourrait conduire à des éléments d'histoire manqués ou à un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche équilibrée: il joue généralement 3-5 heures avec un personnage, puis passe à l'autre pendant 2-3 heures.
Cependant, Dumont a précisé que les joueurs ne seront pas désavantagés en favorisant un personnage. Alors que chaque protagoniste possède des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le récit du jeu s'adapte au choix du joueur. Il encourage les joueurs à suivre leurs préférences: "L'expérience de base est flexible. Choisissez votre préféré; le récit s'ajustera." Essentiellement, alors que des arcs de caractère individuels existent, le scénario principal reste accessible, quels que soient les joueurs de caractère principalement.
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